Protéomique différentielle

Analyses protéomique quantitatives différentielles et absolues

Plusieurs méthodes d’analyse protéomique quantitative différentielle sont disponibles sur 3P5 : Label-Free, iTRAQ, SILAC et 2D-DIGE notamment. Deux exemples d’articles disponibles sur le site de l’institut Cochin reprennent ces techniques : nous avons rédigé un « focus » sur les avantages respectifs du Label-Free ou du SILAC.

La plateforme 3P5 propose des forfaits Label-Free et iTRAQ 4 ou 8 plex comprenant la totalité de la prestation, réactifs, séparation des peptides, analyse par spectrométrie de masse, analyses statistiques poussées et mise en forme des résultats.

Pour les analyses SILAC nous fournissons les acides aminés alourdis (Lys 4, 6, 8 et Arg 6 et 10) en aliquots de 50mg pour 250ml de milieu de culture afin d’éviter aux équipes de coûteux achats au gramme. La vérification du remplacement complet des acides aminés est un préalable et peut être faite très rapidement.

Nous vous encourageons, dans la mesure du possible, à utiliser le tampon de lyse suivant : 50mM Tris (pH8) + 2% SDS pour amener à environ 0.5µg/µl en concentration minimum à contrôler sur gel SDS-PAGE coloré au bleu de Coomassie colloïdal.

Les protéines seront ensuite traitées selon le protocole adapté à la technique envisagée.

Contacter la plateforme ( proteomique-3p5@parisdescartes.fr ) pour plus de détails et dès la conception de votre plan expérimental pour éviter des choix inadaptés aux techniques de LC-MS.

En fin d’analyse, les données d’identification et de quantification sont généralement trop complexes et volumineuses pour être traitées manuellement. Elles peuvent être traitée par notre service d’analyse fonctionnelle à l’aide de logiciels spécifiques.