La plateforme 3P5

Un petit historique

2006
La Plateforme de Protéomique de l’Université Paris Descartes (ex-Paris 5 d’où l’acronyme 3P5) a été créée sous l’impulsion du Pr. Bruno Varet, alors vice-président du conseil scientifique de 2004 à 2012, qui avait souhaité créer des structures centrales pour mutualiser l’investissement de l’Université auprès des équipes de recherche.

Cette action a permis de mettre à la disposition de la communauté universitaire des moyens performants d’imagerie et d’analyse au travers de la création de 6 plateformes universitaires, dont 3P5.

2007
La plateforme 3P5 ainsi créée a été installée en 2007 au sein de l’Institut Cochin où existaient déjà un laboratoire de microanalyse des protéines (L. Camoin) et un laboratoire d’électrophorèse bidimensionelle (P. Chafey). L’installation s’est accompagnée de financements exclusivement universitaires pour une chaîne d’analyse nanoLC-MALDI performante et du recrutement d’un ingénieur statutaire dédié. Une des missions de la plateforme était par ailleurs de structurer l’offre protéomique proposée par différents sites équipés de spectromètres sur le campus de l’université. 3P5 réunissait régulièrement ses acteurs en protéomique : plateaux techniques locaux, équipes et/ou enseignants-chercheurs impliqués dans des projets et enseignements protéomiques sur les différents sites (Saints-Pères, Faculté de Pharmacie, Institut Necker-Enfants Malades, PARCC de l’HEGP, Institut Cochin, Institut des Cordeliers, Centre de neurosciences Broca/Sainte Anne, Odontologie). Le management de 3P5 était alors confié à L. Camoin (technique) et A. Edelman (scientifique).

2008
La plateforme 3P5 respectait déjà la charte des Infrastructures en Biologie Santé Agronomie (IBiSA). Elle a donc aisément décroché ce label en 2009 accompagné d’un cofinancement pour une nouvelle chaîne nanoLC Orbitrap-Velos. Une partie du financement a permis le recrutement d’une ingénieure en CDD pour deux ans. Le Dr. Patrick Mayeux a pris le rôle de coordinateur, et le management scientifique de 3P5.

2012
Des locaux alloués par l’Institut Cochin ont permis un aménagement et une installation dans un environnement adapté et fonctionnel avec, outre des bureaux, une pièce dédiée préparation d’échantillons et une pièce dédiée spectromètres pouvant accueillir 5 chaînes d’analyse LC-MS. Les travaux d’aménagement à hauteur de 300 000€ ont été financés par l’Université. Cette même année le certificat ISO 9001:v2008 était attribué grâce au concours de Mme Y. Lottin, à l’ensemble des plateformes situées à l’Institut Cochin; dont 3P5.

2013 puis 2015
Des cofinancements IBiSA, Canceropole, Feder et Université permettaient encore d’accroître la capacité d’analyse de la plateforme dont l’activité est en constante progression grâce aux analyses Label-Free. Cette activité importante n’est désormais plus située que sur deux sites très actifs rassemblant une grande partie de la demande, principalement en recherche biomédicale : la SFR Necker et l’Institut Cochin.

Depuis 2015
Avec la variété des appareils, les performances accrues des moyens d’analyse et les développements techniques adaptés, les demandes d’études de protéomique quantitative de modèles emblématiques des centres de recherche hébergeurs (Maladie infantiles, Hématologie, Signalisation, Cancer… ) ont littéralement explosé, se traduisant par de nombreuses publications qui associent des membres de la plateforme.

Les outils bioinformatiques et la bioanalyse sont venus enrichir le panel de prestations offertes par 3P5 avec une mutation importante vers l’activité de gestion et d’analyse de grands volumes de données, permettant de mettre en relation génomes et protéomes.

2020
3P5 est partie intégrante de la toute nouvelle Université Paris Cité et a de nouveau été soutenue et équipée pour répondre aux défis d’une université de rang mondial. Deux spectromètres de classe TIMS TOF Pro ont été installé, en lieu et place de l’Orbitrap Velos, cédé à l’IUT d’Orsay (Pr. F. Moussa).

Le soutien d’Université Paris Cité s’est par ailleurs matérialisé par le recrutement de 4 agents statutaires entre 2007 et 2019, par des dotations d’aménagement et rénovation de locaux et par le financement récurrent de CDD.

En quelques questions clés

Que faisons nous ?
Après accord sur le mode d’analyse le plus adéquat en fonction de la question posée, 3P5 prend en charge vos échantillons de protéines et restitue un résultat d’identification et éventuellement de quantification de protéines avec, le cas échéant, une analyse statistique poussée de ces données pour en extraire un maximum d’informations, jusqu’à l’analyse ontologique.

Où sommes nous ?
La plateforme Proteom’IC est pour partie hébergée à l’Institut Cochin. Elle regroupe des appareils à haut débit et à haute performance pour l’identification et la quantification des protéines.

Comment sommes nous organisés ?
La plateforme Proteom’IC travaille en premier lieu avec les différents centres de recherche de l’Université, mais elle est ouverte aux autres équipes académiques externes ainsi qu’aux demandes privées. La plateforme s’efforce d’offrir aux différents utilisateurs la plus large capacité possible d’analyses.

La plateforme est régie par un règlement intérieur initialement approuvé par le conseil de gestion des plateformes d’Université Paris Cité. Elle a été labellisée par le groupement d’intérêt scientifique « Infrastructures en Biologie, Santé et Agronomie » (GIS-IBiSA) en 2009. Ce label est renouvelé à chaque demande de financement accordée. Enfin la plateforme est certifiée ISO9001 depuis 2012 et travaille actuellement à la mise en place de la norme NFX 50-900.

Sommes nous seuls ?
Non, Proteom’IC est activement impliquée dans l’organisation des réunions du forum des plateformes protéomiques parisiennes (F3P) et dans le réseau des Plateformes Protéomique d’Ile de France (PPIF). Ses membres sont inscrits aux sociétés savantes SFSM (Société Française de spectrométrie de Masse) et SFEAP (Société Française d’électrophorèse et d’Analyse Protéomique).